НДФЛ платит не работодатель, а работник. Работодатель лишь берёт на себя функции агента.
Акцизы, НДС и таможенные пошлины так же платятся из кармана гражданина.
Пожалуй только налоги на недра и на прибыль берутся из карманов граждан опосредованно.

Единственным видом дохода государства, получаемым не от граждан, являются дивиденды госкомпаний.